卓永興於1981年加入政府，任職警務督察，1984年轉職政務主任。他在2017年晉升至首長級甲一級政務官職級，並於2019年在創新及科技局常任秘書長一職上退休。
卓永興服務政府及香港市民超過40年，在食物環境衞生管理、勞工事務，以及發展創新科技範疇貢獻良多。
退休後，卓永興先後被委任為2019年政務主任遴選委員會主席、對話辦公室主任、2019冠狀病毒病疫苗接種計劃主任，以及財政司司長私人辦公室顧問。
