陳國基於1982年加入前人民入境事務處(1997年改稱為入境事務處)任職助理入境事務主任。他於2007年晉升入境事務處助理處長,2010年晉升入境事務處副處長,並於2011年至2016年出任入境事務處處長。
陳國基於2017年7月至2022年6月期間出任行政長官辦公室主任。