卓永兴于1981年加入政府，任职警务督察，1984年转职政务主任。他在2017年晋升至首长级甲一级政务官职级，并于2019年在创新及科技局常任秘书长一职上退休。
卓永兴服务政府及香港市民超过40年，在食物环境卫生管理、劳工事务，以及发展创新科技范畴贡献良多。
退休后，卓永兴先后被委任为2019年政务主任遴选委员会主席、对话办公室主任、2019冠状病毒病疫苗接种计划主任，以及财政司司长私人办公室顾问。
