陈国基于1982年加入前人民入境事务处(1997年改称为入境事务处)任职助理入境事务主任。他于2007年晋升入境事务处助理处长,2010年晋升入境事务处副处长,并于2011年至2016年出任入境事务处处长。
陈国基于2017年7月至2022年6月期间出任行政长官办公室主任。